En mai 1996, Patrick Balkany est condamné (décision confirmée en appel le 30 janvier 1997) par la 9e chambre du tribunal correctionnel de Nanterre, à quinze mois de prison avec sursis, 200 000 francs d'amende et deux ans d'inéligibilité, pour « prise illégale d'intérêts »15. Il avait rémunéré aux frais du contribuable levalloisien entre 1985 et 1995 trois personnes désignées comme des employés municipaux, mais qui ne s'occupaient que de son appartement de Levallois-Perret et de sa résidence secondaire près de Giverny16. Son épouse Isabelle, vice-présidente du conseil général des Hauts-de-Seine et conseillère municipale à Levallois-Perret, est condamnée à la même peine pour « prise illégale d'intérêts »17.
Il s'installe alors à Saint-Martin pour diriger la radio RCI 2 et diriger Régie Caraïbe Production gérant la publicité de la radio. Selon ses propos, il cherche « la paix et (à) se faire oublier »18. Cependant la radio porte plainte contre lui pour s'être fait passer pour le directeur19.
Le 28 juillet 1999, la chambre régionale des comptes d'Île-de-France condamne Patrick Balkany à rembourser à la ville de Levallois-Perret le montant des salaires des employés municipaux liés à sa condamnation, soit 523 897,96 €20.
Ayant interjeté l'appel devant le Conseil d'État qui a confirmé le jugement de la Chambre, le 27 juillet 2005, Patrick Balkany a étalé le remboursement des salaires à la ville de 2000 à 2006. Il est aussi redevable à la municipalité de Levallois-Perret des intérêts que les juges ont fait courir à compter du 31 mai 1995, date du licenciement par le maire des agents communaux, soit un montant de 230 865,57 €. En février 2007, le ministre de l'Économie, des Finances et de l'Industrie, Thierry Breton, est saisi par Patrick Balkany d'une demande de remise gracieuse de cette dette. Le 12 février 2007, le conseil municipal de Levallois-Perret (à majorité UMP) donne son accord préalable à sa requête21. En juin 2011, François Baroin rejette cette requête. Patrick Balkany règle alors 63 684,43 € et obtient du Trésor un échéancier pour l'apurement du solde de 123 000 €22.
En 2003, il est condamné en première instance par le tribunal correctionnel de Nanterre à 1 500 € d'amende pour « images vexatoires et empreintes de mépris visant à abaisser et ridiculiser […] de façon publique » l'élue communiste Annie Mandois qu'il avait accusée, lors d'un conseil municipal, d'avoir utilisé des fonds publics dans l'intérêt d'un parti politique ou pour son intérêt personnel. Ses accusations d'avoir endoctriné des enfants lorsqu'elle était enseignante ne sont pas retenues en première instance23, jugement confirmé par la Cour d'appel de Versailles le 31 mars 200424.