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Epidémie de Covid-19 : le virus circulait sans doute en France dès novembre 2019

Les résultats des travaux de chercheurs français mettent à mal l’hypothèse d’un départ de l’épidémie sur le marché chinois de Wuhan au début du mois de décembre 2019.

Par Stéphane Foucart
Publié aujourd’hui à 10h18, mis à jour à 14h45

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Le premier cas français de Covid-19 confirmé par test PCR est un patient hospitalisé fin décembre 2019. Ici, un centre de prélèvements sanguins à l’hôpital Henri-Mondor de Créteil (Val-de-Marne ), le 6 mars 2020.
Le premier cas français de Covid-19 confirmé par test PCR est un patient hospitalisé fin décembre 2019. Ici, un centre de prélèvements sanguins à l’hôpital Henri-Mondor de Créteil (Val-de-Marne ), le 6 mars 2020. THOMAS SAMSON / AFP

Interpellés par plusieurs cas cliniques ayant précédé l’épidémie de Covid-19, des médecins de l’hôpital Albert-Schweitzer de Colmar (Haut-Rhin) réanalysaient, en mai, plusieurs centaines de scanners thoraciques de patients admis dans leur établissement dès octobre 2019, pour des pneumopathies sévères. Un de ces malades, hospitalisé le 16 novembre, était porteur de lésions évocatrices du Covid-19. Une présence du nouveau coronavirus sur le territoire français était dès lors suspectée à cette date, mais sans analyse de prélèvements biologiques, l’hypothèse demeurait fragile. Des travaux de chercheurs français publiés samedi 6 février dans la revue European Journal of Epidemiology viennent appuyer ces observations : ils indiquent, avec un haut niveau de preuve, que le SARS-CoV-2 circulait déjà en France en novembre 2019.

    « Ces résultats suggèrent que dès novembre et décembre 2019, le taux de contamination en France est déjà de l’ordre d’un cas pour mille », le professeur Fabrice Carrat

Les chercheurs, conduits par le professeur Fabrice Carrat, directeur de l’Institut Pierre-Louis d’épidémiologie et de santé publique (Inserm, Sorbonne Université), ont procédé avec un soin particulier. Ils ont analysé 9 144 échantillons sanguins collectés sur des participants à la cohorte « Constances » – la plus grande cohorte épidémiologique suivie en France, forte de plus de 200 000 individus, lancée en 2012 grâce au programme des investissements d’avenir. Ils les ont d’abord passés au crible d’un test rapide détectant des immunoglobulines de type G (IgG) anti-SARS-CoV-2. Ce test étant réputé générer des « faux positifs », les auteurs ont confirmé ou infirmé la mesure grâce à un second test, très spécifique, mais plus délicat à mettre en œuvre.
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Résultats : sur les 9 144 échantillons analysés, treize prélevés entre novembre et janvier se sont révélés positifs aux deux tests, dont dix prélevés en novembre ou décembre. « Nous avons commencé par analyser des échantillons prélevés en janvier et février, et nous en avons trouvé bien plus de positifs que ce à quoi nous nous attendions, explique l’épidémiologiste Marie Zins (Inserm, université de Paris), principale investigatrice de la cohorte “Constances”. Nous avons donc cherché à voir si nous en trouvions dès l’automne. »
13 cas positifs entre novembre et janvier

Pour M. Carrat, « ces résultats suggèrent que dès les mois de novembre et décembre, le taux de contamination dans la population française est déjà de l’ordre d’un cas pour mille ». « Ces résultats ne montrent pas de surreprésentation de la maladie dans certaines régions, ajoute M. Carrat. On semble trouver des cas de manière sporadique, un peu partout sur le territoire. »

Jusqu’à présent, le premier cas français de Covid-19 confirmé par test PCR est un patient hospitalisé pour une pneumopathie sévère, fin décembre 2019, en Seine-Saint-Denis, et dont les prélèvements, congelés, avaient été réanalysés en avril 2020 à l’initiative des professeurs Yves Cohen et Jean-Ralph Zahar (hôpital Avicenne, à Bobigny).

Parmi les treize cas positifs entre novembre et janvier, onze ont en outre répondu à un questionnaire adressé par Santé publique France – qui a cofinancé ces travaux – pour mettre en évidence des facteurs de risque ou une éventuelle association avec des symptômes caractéristiques du Covid-19, chez l’intéressé ou l’un de ses proches. Une femme d’une trentaine d’années, positive en novembre, a expliqué que son partenaire avait souffert d’une toux intense en octobre. Une autre, ayant voyagé en Espagne début novembre, a été en contact avec un membre de sa famille ayant souffert d’une pneumonie d’origine inconnue entre octobre et décembre.
Voyages ou contacts avec des malades

« Dans plus de la moitié des cas, on a affaire à des gens qui ont voyagé ou qui ont été en contact avec des personnes ayant été malades, dit M. Carrat. L’un des cas avait voyagé deux mois en Asie et est revenu début décembre en France… un autre est médecin, ce qui est aussi un facteur de risque. » Un grand nombre d’échantillons sanguins étant collectés de manière routinière, depuis 2018, sur les membres de la cohorte « Constances », les chercheurs pourraient tenter de remonter plus loin encore dans le temps. « La question que nous nous posons désormais, c’est de savoir si le virus était déjà en France en septembre et pourquoi pas en août, explique Mme Zins. Nous cherchons les financements pour mener les analyses nécessaires. »
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En attendant, ces résultats confortent d’autres travaux italiens suggérant que les premiers cas d’infections par le nouveau coronavirus remontaient, en Italie, au mois d’octobre 2019. Ces travaux avaient été publiés en novembre 2020 dans le Tumori Journal, mais la méthodologie mise en œuvre avait été jugée fragile par plusieurs spécialistes, alors interrogés par Le Monde.

Ces indices d’une circulation déjà soutenue du nouveau coronavirus en Europe dès les mois de novembre, voire d’octobre, mettent à mal l’hypothèse d’un départ de l’épidémie sur le marché de Huanan, à Wuhan, en Chine, au début du mois de décembre 2019. Toutefois, ils ne permettent pas de remettre en cause les connaissances acquises sur la phylogénie du virus – les souches du SARS-CoV-2 circulant actuellement dans le monde dérivant toutes d’un virus apparu fin 2019, dans la province chinoise du Hubei.
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Stéphane Foucart